Комиссионные вознаграждения за осуществление факторинговых операций включаются в состав расходов.

Об этом Письмо Минфина РФ от 19.02.2008 N 03-03-06/1/116.
В целях налогообложения прибыли организаций расходы по оплате услуг финансового агента по осуществлению факторинговых операций учитываются либо в составе прочих расходов, связанных с производством и (или) реализацией, либо в составе внереализационных расходов при условии, что указанные расходы документально подтверждены и экономически обоснованны.
Если в договоре факторинга комиссионное вознаграждение или иные платежи указаны в процентах, то такие расходы в целях налогообложения прибыли признаются расходами в виде процентов по долговым обязательствам и учитываются в налоговом учете в соответствии с положениями ст. 269 Налогового Кодекса.
Источник: Банковское дело